Het OMES monitoringsprogramma is een initiatief van Waterwegen & Zeekanaal (W&N) en werd in 1995 gelanceerd om de kennis van het ecosysteem van de Zeeschelde te actualiseren en uit te breiden. Sindsdien wordt op maandelijkse basis gemeten hoe het met het water in de Zeeschelde en haar zijrivieren gesteld is. Onderzoekers varen dan het getijafhankelijke deel van de Zeeschelde, de Rupel, de Nete en de Dijle af en nemen op een twintigtal constante plaatsen een waterstaal. Die stalen worden onderzocht op zo’n twintig parameters, gaande van zuurstof, koolstof, stikstof en fosfor, over fotosynthese en plankton. De resultaten geven over langere tijd een schat aan informatie over hoe de ecologische toestand van onze getijdenrivieren evolueert.

De maandelijkse monitoring binnen OMES bestaat op dit moment uit twee delen: een OMES campagne en de VMM analyses. In het kader van MONEOS werd OMES onder de loep genomen. Er werd een grote overlap vastgesteld voor de monitoring van een aantal parameters tussen het OMES programma en de metingen van VMM.  OMES en VMM hanteren echter soms verschillende staalnametechnieken. Zo bemonstert OMES tijonafhankelijk en VMM tijafhankelijk. Het was meer dan duidelijk dat voor een coherente, geïntegreerde monitoring, meer samenwerking tussen VMM en OMES nodig was. Sinds 2009 wordt de overlap in staalname van de waterkwaliteit in de Schelde door OMES en VMM weggewerkt. Beide instituten werken nauw samen bij de monitoring en het Vlaams Instituut voor de Zee (VLIZ) vormt de link voor de overdracht van VMM gegevens in de OMES databank.

Gedurende 3 dagen per jaar worden er op 3 locaties in het Scheldebekken aan Kruibeke, Terhagen (Rumst) en Schoonaarde (Dendermonde) 13‐uursmeetcampagnes uitgevoerd. Het doel van deze campagnes is om de waterkwaliteits-, sedimentatie-, fytoplankton- en stroomcyclussen te volgen gedurende een volledige tijcyclus.
Daarnaast wordt er ook ter hoogte van het Gereduceerd Gecontroleerd Getijdengebied (GGG) te Lippenbroek jaarlijks een 4‐uursmeetcampagne uitgevoerd.

OMES beantwoordde reeds grotendeels aan de richtlijnen beschreven in MONEOS. Ruimtelijk en temporeel schoot het programma echter af en toe te kort. Zo werd de Rupel ondermaats bemonsterd en was de frequentie van staalname in de zomerperiode ontoereikend om algenbloei goed op te volgen. Daarom werden vanaf januari 2009 volgende aanpassingen doorgevoerd.

1. Elke monitoringscampagne wordt opgedeeld in 3 vaardagen, telkens een maandag (Beneden Zeeschelde), dinsdag (Rupel) en woensdag (Boven Zeeschelde). Een overzicht van de stations en de verdeling over de diverse vaardagen wordt gegeven in de tabel.
   1. Dag 1: vertrek te Antwerpen, afvaart tot station Grens en vanaf daar opvarend meten tot Temse. Terugvaart naar Antwerpen.
   2. Dag 2: vertrek te Boom, opvaren tot Dijle en Netemonding. Afvarend meten tot Rupelmonde. Vanaf daar opvarend meten tot Baasrode en terugkeer per minibus naar Boom.
   3. Dag 3: Vertrek te Dendermonde, opvarend meten tot Melle. Terugvaart naar Dendermonde.
       

1. In de zomerperiode word de frequentie van meten verhoogd van eens per maand naar tweemaal per maand, met als doel de algenbloei en andere biologische fenomenen beter in kaart te brengen. Concreet betreft het de periode van (april) mei tot en met september.