Binnen het OMES project worden drie types monitoring uitgevoerd: systeemmonitoring, onderzoeksmonitoring en projectmonitoring.
- De systeemmonitoring is een reeds langlopend programma dat alle basisparameters voor het goed functioneren van het Schelde‐ecosysteem opvolgt. De maandelijkse monitoring op de vaste stations en een 13-uurs opvolging in de Zeeschelde vormen belangrijke onderdelen van deze systeemmonitoring in het estuarium.
- De onderzoeksmonitoring omvat de gedetailleerde opvolging van pilootprojecten om meer inzicht te verwerven. In Lippenbroek loopt zo’n onderzoeksmonitoringsproject waarbij kennis vergaard wordt voor de ontwikkeling van andere gecontroleerde overstromingsgebieden met gereduceerd getij (zoals Bergenmeersen en Bazel).
- De monitoring in Bergenmeersen en Burchtse Weel (en in de toekomst ook Bazel) zijn voorbeelden van projectmonitoring. Met een programma voor projectmonitoring wordt gedurende de eerste drie jaar na de opstart van monitoring in een gebied nagegaan in hoeverre het gebied voldoet aan de gestelde verwachtingen en of het al dan niet in goede richting evolueert. Door de vinger aan de pols te houden, worden mogelijke problemen sneller gedetecteerd. Dat maakt adaptief beheer en bijsturing mogelijk. Het MONEOS‐rapport omschrijft projectmonitoring als die monitoring die − aanvullend op de reguliere systeemmonitoring − wordt uitgevoerd om bepaalde parameters met verhoogde frequentie te meten, beperkt in tijd en ruimte. Na een periode van drie jaar volgt een evaluatie. Als alles naar wens verloopt, kan de projectmonitoring worden afgebouwd en wordt het gebied opgenomen in de reguliere systeemmonitoring.
De maandelijkse monitoring binnen OMES bestaat op dit moment uit een samenwerking tussen OMES en de VMM.
In het kader van MONEOS werden de bestaande monitoringsactiviteiten onder de loep genomen. Hieruit bleek er een opportuniteit te zijn om het OMES programma en de VMM activiteiten op elkaar af te stemmen, waarbij de VMM staalnames uitvoert op de boundary stations. Sinds 2009 wordt de overlap in staalname van de waterkwaliteit in de Schelde door OMES en VMM weggewerkt en is er een nauwe samenwerking en uitwisseling van gegevens.
Onderzoek naar de effecten van waterkwaliteit en getij op overstromingsgebieden en in het bijzonder op gecontroleerde overstromingsgebieden met een gecontroleerd gereduceerd getij (GGG) vormen de kerntaak van deeltaak 9. Aanvankelijk richtte deze deeltaak zich op de mesocosmosexperimenten te Wilrijk en te Kruibeke, als voorbereiding op de uitbouw van GGG’s. Sinds 2006 is de klemtoon van het onderzoek verschoven naar het pilootproject Lippenbroek, het eerste GGG wereldwijd. Het onderzoek in de mesocosmosopstelling te Wilrijk werd afgebouwd en is sinds 2009 geen onderdeel meer van het OMES onderzoek.
In 2010 werd de monitoring van de aantakking “Burchtse Weel” toegevoegd aan het OMES programma. Deze aantakkking werd als mitigerende maatregel in het kader van de Oosterweelverbinding door W&Z gebouwd in opdracht van BAM. Voor dit gebied werd een afzonderlijk monitoringsprogramma opgesteld. De resultaten zijn in een afzonderlijke studie uitgewerkt en worden in de volgende paragraaf kort samengevat. In 2013 werd het eerste grotere GGG geopend: Bergenmeersen. Oorspronkelijk fungeerde Bergenmeersen als gecontroleerd overstromingsgebied (GOG) zonder natuurfunctie. Aangezien de Vlaamse Regering in 2004 besliste dat één van de hoofdoelstelling van het Sigmaplan, naast veiligheid, ook natuurontwikkeling is, werd Bergenmeersen omgevormd tot GOG‐GGG. Door natuurontwikkeling te combineren met veiligheid kunnen habitatdoelstellingen in hetzelfde gebied gerealiseerd worden. Op 12 maart 2012 zijn de werken voor de omvorming van GOG naar GOG‐GGG van start gegaan zodat het gebied uiteindelijk in werking kon treden op 25 april 2013. De voorbereidingen die in 2013 werden getroffen voor de opening van het Bazels zullen ook in dit rapport worden behandeld.
De opening van het gehele GOG‐GGG KBR is nog niet aan de orde, maar een deel van het gebied, namelijk het Bazels GGG, zal in het voorjaar van 2014 functioneel kunnen worden. Door de hoge inlaat- en lage uitlaatsluizen zal getracht worden het getij opnieuw te introduceren in dit gebied zodat een getijafhankelijk grasland kan ontwikkelen. De voorbereidingen om bij de opening van het gebied direct van start te kunnen gaan met de monitoring, zijn reeds getroffen. De monitoring van deze gebieden valt onder de noemer van “projectmonitoring” en wordt binnen het kader van MONEOS door OMES uitgevoerd.